Ekhagastiftelsen har stor betydelse för forskning och utveckling inom ekologiskt lantbruk och biologisk medicin.

Dessa områden är för många nämligen kontroversiella och forskningen har hittills haft betydande svårigheter att konkurrera med traditionell forskning inom mera etablerade områden.

Ekhagastiftelsen vill medverka till att stärka uthålligt lantbruk på ekologisk grund och till att brygga över de traditionella motsättningarna mellan komplementärmedicin och skolmedicin. Det senare görs bland annat genom att stödja väl planerade och genomförda projekt där utfallet av forskningen kan bedömas på ett objektivt sätt. Exempel på sådana noggrannt genomförda forskningsprojket som stöds av stiftelsen är utvärdering av exempelvis akupunktur, Qi Gong och taktil massage vid vitt skilda kliniska tillstånd, såsom inflammatorisk tarmsjukdom, spädbarnskolik, klimakteriebesvär och rygg-och nacksmärtor.

Inom området biologisk medicin har Ekhagastiftelsen under senare år gett betydande stöd till uppbyggande av ett nytt forskningsområde, nämligen mikrobiell ekologi. Redan för över hundra år sedan föreslog den ryske forskaren Elia Metchnikoff att tarmbakterier är viktiga för vår hälsa och välbefinnande. Obervationerna föll mer eller mindre i glömska under många år, men under det senaste decenniet har intresset för området ökat starkt. Antibiotika har nämligen inte löst problemen med infektioner och att ett antal "immunologistkt orsakade välfärdssjukdomar" ökar till synes oförklarligt i takt med stigande välstånd. Exempel på sådana sjukdomar är allergier, diabetes och inflammatoriska tarmsjukdomar.

Ny forskning pekar på ett orsakssamband mellan sådana sjukdomar och och förändringar i våra tarmbakterier. Även den tilltagande fetmaepidemien sätts numera delvis i samband med sådana förändringar.

En människa har ungefär 10 gånger så många bakterier i tarmen som celler i sin egen kropp. De över 1000 olika sorterna av bakterier, vardera med ett stort antal olika stammar bildar ett komplext ekosystem som är minst lika sammansatt som ekosystemet i exempelvis en djungel. Genuppsättningen för dessa bakterier är sammantaget 30 gånger större än det mänskliga genomet. Det finns mycket som talar för att moderna levnadsförhållanden har lett till förändringar i detta "inre ekosystem" och att dessa förändringar i sin tur är kopplade till ökningen av vissa sjukdomar.

Ekhagastiftelsen är föregångare i Sverige med att stödja detta nya forskningsområde och har som största enskilda bidragsgivare medverkat till att svenska forskare har en internationellt framträdande position i kartläggningen av det mikrobiella ekosystemet. Betydande forskningsstöd har getts till ett tiotal projekt, både inom ren grundforskning och för kliniska studier. Grundforskningen gäller kartläggning av vilka bakterier som finns i tarmen, hur de samverkar med varandra och hur de skiljer sig i olika miljöer. Forskningen kan utgöra bas för att identifiera nya sorters bakterier som befrämjar hälsan hos människor och husdjur, så kallade probiotika. Inom klinisk forskning har stiftelsen stött projekt om hur modersmjölken påverkar utvecklingen av tarmfloran tidigt i livet och hur tarmbakterierna utvecklas efter födelsen i olika miljöer. Även kliniska tillämpningar inom området har fått stöd, exempelvis att förebygga allergi hos barn genom att ge probiotiska bakterier till deras mammor i slutet av graviditeten och till barnet under spädbarnsåret. Studierna med två olika slag av mjölksyrebakterier visade att bakterietillförseln minskade risken för att få allergiskt eksem och pekar på en intressant väg att kanske i framtiden med "nyttiga" bakterier förebygga sjukdom. Stiftelsen har också stött en liknande studie, där forskarna kunde visa att risken för allergi minskade betydligt hos barn till kvinnor som under graviditeten fått det slags fettsyror som främst finns i fisk.

Stiftelsens intresse för att stödja forskning om betydelsen av den mikrobiella miljön gäller också lantbruket. Även inom detta område har stiftelsens stöd varit av avgörande betydelse för svensk forskning. Sålunda har man i ett av stiftelsen stött projekt funnit olika slag av mjölksyrebakterier i honungsmagen hos bin och studier pågår för att definiera dessas betydelse för de hälsoeffekter som honung av olika ursprung har. I ett sådant projekt studeras hur honung påverkar sårläkning.

Den mikrobiella miljöns betydelse för grödor är välkänd men ofullständigt studerad. Ekhagastiftelsen stödjer forskning om det ekologiska samspelet mellan mikrober i jorden och havtorn, en bärbuske med potentiellt stor betydelse inom ekologiskt lantbruk.

En utmaning i framtidens jordbruk ligger i att genomföra klimatanpassning och produktionsökning av det svenska jordbruket inom ramen för en rättvis fördelning av jordens resurser. Stiftelsen stöder ett betydelsefullt deltagardrivet projekt, där lantbrukare och forskare arbetar tillsammans med att identifiera forskningsfrågor och metoder och därefter gemensamt utvärderar resultaten. Genom samverkan i alla faser av forskningen underlättas att resultat och erfarenheter snabbare förmedlas till brukarna.

Ekologiskt odlade grödor uppfattas ofta ha en bättre kvalitet än konventionellt odlade. I butik tycks dock egenskaperna även hos odlade grönsaker variera starkt. I projektet "På jakt efter den perfekta moroten" jämförs ekologiskt och konventionellt odlade morötter med varandra, med prover från fältförsök samt med en databas som omfattar 200 prover insamlade under 40 år. I samverkan med odlarna föreslås förbättringar i odlingstekniken.

I ett annat projekt belyses skillnader i innehållet av mikronäringsämnen i olika ekologiskt och konventionellt odlade grödor. Istället för att bara studera några enstaka förutbestämda ämnen har man i projektet ett nytt, brett angreppssätt genom att använda kraftfulla så kallad metabolomicstekniker. Skillnader i vitaminer och spårämnen mellan ekologiskt och konventionellt odlade produkter kan ha betydelse för vår hälsa.

Ekhagastiftelsens strävar efter att stödja forskning om och utveckling av ekologiskt lantbruk omfattar alltså projekt inom hela kedjan från ett systemtänkande inom lantbruket till optimal kommunikation mellan forskare, producenter och konsumenter.

Stiftelsen vill stödja den bästa forskningen inom biologisk medicin och ekologiskt lantbruk. Under senare år har därför betydande forskningsstöd gått även till forskning utanför Sverige. Bland projekt som fått stöd är ett tvärvetenskapligt projekt vid Louis Bolk institutet i Nederländerna i vilket experter inom systembiologi, antroposofisk medicin och flera andra områden samverkar för att utveckla metodik för individbaserad medicin som komplement till den inom skolmedicinen gängse bedömningsgrunden på gruppnivå. Som modell har man valt diabetes.